Возглавлялось НКВД - да. Но было ли за Сталина - неизвестно. Никто и никогда не предоставлял белорусским партизанам свободного выбора руководителей Советского государства. Поэтому сделать вывод о том, "за кого" они были во внутри политической борьбе в СССР на основании того факта, что они были белорусскими партизанами, нельзя.

Собственно говоря, неверна сама постановка вопроса. Социальная группа "белорусские партизаны" не была субъектом внутриполитической жизни страны (исключая борьбу с пронемецкими антисоветскими элементами на оккупированных территориях, которая в их исполнении могла иметь место - но как часть общей борьбы с захватчиками, а не как набор внутриполитических мероприятий). Белорусские партизаны были "за Сталина" не в большей степени, чем Северный флот или Крымский фронт, например. Чем Челябинский тракторный завод имени И. В. Сталина. Чем вся армия и страна в целом.