это как раз очень легко решается

Принцип кириллицы: "Один звук - одна буква" (правда, как раз для русского сделали допущение : объединяют в одной букве мягкий и твердый звук, при необходимости помечая знаком)
Этот принцип годится для любого языка.

В монгольском языке тоже есть звуки, которым нет соответствия в русском. Просто добавили буквы в монгольскую кириллицу (причем брали их из старославянского но не задумывались о соответствии)

В японском прекрасно подойдет тот же прием. Буквы могут выглядеть иначе, но принцип будет тот же