"Синонимы"
"СССР применял карательные меры в том числе против мирных сепаратистов, но нельзя же это называть войной? Или по-вашему можно?"
Первое утверждение противоречит второму.
СССР действительно применял карательные меры против сепаратистов ( мирных в том числе), но войны он против них не начинал.
Следовательно, "действия" и "военные действия" синонимами не являются, очевидно.
Более того, "действия" даже не обязательно синоним "карательные действия" - правительство может вести против сепаратистов пропаганду, применять экономические рычаги (что и делается в случае Шотландии) и т.д.
Отсюда ваше исходное утверждение "Войны всегда начинают сепаратисты" является некорректным.